信息工程學院是南京審計大學唯一的工科學院，圍繞“科技強審”戰略與數字化時代國家治理體系和治理能力現代化建設需求，依托學校“大審計”平臺學科與行業優勢，強化現代信息技術與審計交叉融合，致力于培養掌握計算機審計、信息系統審計、大數據審計、區塊鏈審計等現代審計技術方法的高層次復合型數字化審計人才。

信息工程學院擁有江蘇省審計信息工程重點實驗室、江蘇省審計大數據工程實驗室、江蘇省審計技術研發軍民融合創新中心、江蘇省現代智能審計一體化應用技術工程研究中心、江蘇省審計信息工程與技術協同創新中心等省部級審計科研機構，依托審計行業資源優勢組建審計科學與技術研究院和粵港澳大灣區審計研究院，科研團隊圍繞“科技強審”核心技術，開展審計技術研發，形成豐碩成果。相關研究成果與發明專利已在國家審計機關、解放軍審計署、地方政府、國有大中型企業等部門和領域得到廣泛應用。
學院設有4個本科專業和2個碩士點：計算機科學與技術專業（計算機審計方向）、信息管理與信息系統專業（信息系統審計方向）、軟件工程（區塊鏈審計方向）、數據科學與大數據技術（大數據審計技術方向），以及計算機科學與技術學術學位授權點、電子信息專業碩士點。其中，計算機科學與技術為國家一流本科專業建設點、江蘇省品牌專業、江蘇省產教融合型品牌專業，信息管理與信息系統、軟件工程為江蘇省一流本科專業建設點。計算機科學與技術為江蘇省“十三五”“十四五”重點建設學科。

為促進產教融合，依托國家一流建設專業，學院設有一所現代產業學院—翔晟信息技術學院，培養產業和行業領軍人才，服務與國家安全與審計監督人才需求。