福建醫(yī)科大學(xué)附屬第二醫(yī)院始建于1881年，原名“惠世醫(yī)院”，為英國教會醫(yī)院。1973年整建制劃歸福建醫(yī)科大學(xué)，更名為福建醫(yī)科大學(xué)附屬第二醫(yī)院。醫(yī)院是福建省首批通過衛(wèi)生部評審的四家三級甲等綜合醫(yī)院之一，是我省主要的醫(yī)療、教學(xué)、科研、畢業(yè)后教育基地之一，是博士、碩士研究生學(xué)位授權(quán)點單位、國家級博士后科研工作站。是國家省級區(qū)域醫(yī)療中心、福建省呼吸醫(yī)學(xué)中心。醫(yī)院在全國三級公立醫(yī)院績效考核評價中連續(xù)三年進(jìn)入全國前10%，等級A+。醫(yī)院榮獲第六屆“全國文明單位”榮譽稱號。
醫(yī)院設(shè)鯉城和東海兩個院區(qū)，鯉城院區(qū)占地24.57畝，東海院區(qū)占地322.6畝；醫(yī)院編制床位2000張，年門急診量175萬人次，住院量9萬人次，總手術(shù)量9萬余人次，其中住院手術(shù)7.5萬人次，躋身“2020中國綜合醫(yī)院手術(shù)量百強(qiáng)榜”。現(xiàn)有員工3000余人，其中高級職稱422人，博、碩士700人,醫(yī)師中具有博士、碩士研究生學(xué)歷占總數(shù)近70%，博士生導(dǎo)師20人，碩士生導(dǎo)師129人，教授、副教授138人。在國際學(xué)會任理事、委員等學(xué)術(shù)任職2人，國家級學(xué)（協(xié)）會委員以上學(xué)術(shù)任職90人次、省級學(xué)（協(xié)）會副主任委員以上學(xué)術(shù)任職43人次。醫(yī)院是海峽兩岸醫(yī)藥衛(wèi)生交流協(xié)會海西介入呼吸病學(xué)專業(yè)委員會、中國殘疾人康復(fù)協(xié)會康復(fù)工程與輔助技術(shù)專業(yè)委員會視障輔助技術(shù)專業(yè)學(xué)組掛靠單位。
醫(yī)院歷來以外科技術(shù)精湛著稱，上世紀(jì)四、五十年代率先在泉州地區(qū)開展大、中型外科手術(shù)，并為泉州地區(qū)培養(yǎng)了大批醫(yī)學(xué)骨干力量。近年來，醫(yī)院學(xué)科建設(shè)取得長足發(fā)展，呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)科被列入國家臨床重點專科，介入呼吸病學(xué)、低視力康復(fù)、產(chǎn)前超聲醫(yī)學(xué)等亞專科躍入國內(nèi)先進(jìn)水平。醫(yī)院是福建省呼吸醫(yī)學(xué)中心掛靠單位，免疫學(xué)和變態(tài)反應(yīng)專業(yè)、皮膚病專業(yè)、超聲診斷專業(yè)、腫瘤科（中西醫(yī)結(jié)合）、普通外科、麻醉科、內(nèi)分泌科、眼科、臨床護(hù)理等9個專科被列入省級臨床重點專科。