上海市腫瘤研究所成立于1958年，是新中國(guó)成立后的第一批醫(yī)學(xué)科研機(jī)構(gòu)，也是國(guó)內(nèi)第一個(gè)正式的腫瘤專(zhuān)業(yè)研究基地。1980年被世界衛(wèi)生組織確認(rèn)為癌癥預(yù)防與控制合作中心。1985年，經(jīng)國(guó)家批準(zhǔn)建立""癌基因與相關(guān)基因國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室""。2003年，上海交通大學(xué)參與共建上海市腫瘤研究所。2010年，上海市腫瘤研究所與仁濟(jì)醫(yī)院實(shí)現(xiàn)院所合一。2019年，上海市腫瘤研究所正式轉(zhuǎn)隸上海市教育委員會(huì)主管，由上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬仁濟(jì)醫(yī)院負(fù)責(zé)直接管理。

腫瘤所由三個(gè)園區(qū)組成，本部位于徐匯區(qū)斜土路，另有兩個(gè)園區(qū)分別位于浦東東方路仁濟(jì)醫(yī)院內(nèi)和上海交大閔行校區(qū)內(nèi)。腫瘤所下屬的""癌基因與相關(guān)基因國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室""是我國(guó)生命科學(xué)領(lǐng)域第一個(gè)組建的國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，具有雄厚的科研基礎(chǔ)、實(shí)驗(yàn)條件以及良好的科研氛圍。目前由陳國(guó)強(qiáng)院士擔(dān)任國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室主任，王紅陽(yáng)院士任學(xué)委會(huì)主任。腫瘤所以國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室為依托，力推人才強(qiáng)所戰(zhàn)略，先后出臺(tái)了《青年人才引育激勵(lì)計(jì)劃》、《出國(guó)訪學(xué)資助計(jì)劃》等人才扶持計(jì)劃，吸引了一大批國(guó)內(nèi)外高層次人才和優(yōu)秀青年來(lái)所發(fā)展。