太湖東海局監測科研中心為具有獨立法人資格的公益二類事業單位，辦公地點為上海，主要承擔所在流域海域生態環境監測、評價和科學研究等工作，為流域海域生態環境監管提供支持保障。具體為：承擔流域海域生態環境監測、評價，以及監測網絡建設、監測質量控制等工作；承擔流域海域生態環境規劃、政策、法律、法規、標準、技術規范、生態保護補償方案，以及水功能區劃等編制工作；開展流域海域功能區納污能力和限制排污總量測算；承擔規劃環評技術審查、項目環評評估、排污許可技術審查、入河（海）排污口設置審查管理等技術支持工作；承擔跨界飲用水水源保護區劃定、規劃后評估和環評后評估等技術支持工作；承擔陸源污染物排海、圍填海、海洋石油勘探開發等海洋工程建設項目和海洋傾廢生態環境保護監管等技術支持工作；承擔流域海域內生態環境保護督察、執法、糾紛調處、應急等技術支持工作；承擔信息化建設技術支持工作；開展流域海域生態環境科學研究，以及流域海域環境污染治理、生態保護與修復等方面的基礎和應用研究；開展國際合作與交流、業務培訓、咨詢服務等工作；承擔太湖流域東海海域生態環境監督管理局交辦的其他工作。